История Воскресенского Ново-Иерусалимского монастыря тесно связана с памятью его основателя Святейшего Патриарха Никона. Он все свои силы употребил на воплощение своего замысла – создать в Подмосковье точное подобие знаменитого Иерусалимского храма Воскресения Господня, чтобы дать возможность русскому народу созерцать места спасительных страстей и Воскресения Христова не подвергаясь дорогостоящему и небезопасному путешествию на Ближний Восток. По замыслу патриарха Никона Воскресенский собор возводился по образу Храма Гроба Господня в Иерусалиме. Известно, что при его строительстве использовался чертёж иерусалимского храма.

   Окрестности будущей обители подверглись перепланировке: лес по берегу реки Истры вырублен, а холм, на котором возводился монастырь, досыпан и укреплён.

Мужской монастырь был заложен на холме, прозванном Сион. К востоку от него располагался Елеонский холм с каменной Елеонской часовней , на севере — холм Фавор. На берегу реки Истры, переименованной в Иордан, был построен скит патриарха (до середины XIX века назывался «отходной пустынью»), в котором были размещены две церкви — Богоявления и апостолов Петра и Павла (освящены в 1662 году). Некоторые здания повторяют очертания сооружений Иерусалима, как, например, Воскресенский собор (1656—1685), создан по образу и подобию Храма Гроба Господня.

   В 1919 году монастырь был закрыт. С 1921 года на его территории работало два музея. В 1994 году возобновлён ставропигиальный Воскресенский Ново-Иерусалимский мужской монастырь. В 2014 году музей «Новый Иерусалим» переехал из стен монастыря.